Dirección de las operaciones. La principal diferencia entre las empresas radica en la orientación de sus actividades. Por ejemplo, una organización comercial se crea para obtener un beneficio, mientras que una no comercial pretende alcanzar objetivos de otra naturaleza, no material.
El propósito original de la empresa. Una organización comercial se esfuerza por aumentar el valor de la empresa y los ingresos de los propietarios; una organización no comercial realiza un trabajo, que se define en los estatutos, como la prestación de servicios y otras actividades, sin obtener beneficios para los fundadores.
Trabajar con beneficio. Todos los beneficios de una empresa con ánimo de lucro se distribuyen entre sus miembros o se destinan a su desarrollo. En una empresa no comercial, no existe en absoluto el concepto de «beneficio». En cambio, hay «fondos asignados» que se gastan en causas específicas y no se distribuyen entre los miembros.
Servicios y bienes. Las empresas comerciales producen bienes y servicios a medida. El trabajo de las empresas sin ánimo de lucro está dirigido a las necesidades sociales y a la provisión de bienes públicos.
Destinatarios. Para una empresa comercial es el consumidor final, mientras que para una empresa sin ánimo de lucro son los clientes y miembros de la empresa.
Empleados de una empresa. Las empresas con ánimo de lucro emplean a trabajadores asalariados, becarios y personas con contratos civiles. En el caso de las empresas sin ánimo de lucro, no sólo las personas mencionadas anteriormente, sino también los voluntarios y los propios afiliados realizan el trabajo.
Fuentes de financiación. Las empresas comerciales ganan dinero a través de sus actividades y de su participación en el capital de empresas externas. Las organizaciones sin ánimo de lucro reciben dinero de fundaciones, del gobierno, de inversores, de empresas (esto se refiere a los ingresos externos), pero también de las contribuciones de sus miembros, del alquiler de locales, de los intereses de los depósitos, de las operaciones bursátiles, etc. (esto se refiere a los ingresos internos).
Forma organizativa y jurídica. Las empresas no comerciales existen en forma de fundaciones benéficas y de otro tipo, instituciones, diversas asociaciones religiosas, cooperativas de consumo y otras formas permitidas por la ley.
Limitaciones de la capacidad jurídica. Las empresas tienen capacidad jurídica universal o general; tienen derechos y deberes civiles que les permiten realizar cualquier actividad que no sea contraria a la ley. La capacidad jurídica limitada es característica de las empresas no comerciales. Sólo tienen los derechos y obligaciones que se especifican en los documentos fundacionales, que están directamente relacionados con la consecución de sus objetivos.
Autoridad de registro de empresas. En el caso de las empresas comerciales, la inspección fiscal registra la empresa, mientras que en el caso de las empresas no comerciales, es el Ministerio de Justicia.
Una organización comercial se crea para obtener un beneficio, mientras que una no comercial pretende alcanzar otros objetivos intangibles.